国中二年级学生天野雪辉习惯远离所有人，以一个旁观者的角度把亲眼所见到的事当做日记记录在自己的手机中。一天，时空之神Deus把未来日记植入他的手机，日记中记录的是他未来90天发生的事，包括考试内容、遇到的危险等。

这个日记代表着持有者的未来，一旦被破坏，持有者将会同日记一起消失。Deus选定了十二位未来日记的持有者，他们之间将会进行一场生死游戏，而最后生存的人将会成为Deus的继承者，掌握支配时空的神之座。

故事便是向着内向冷淡的雪辉的成长、盲目爱慕雪辉的我妻由乃的动向、以及十二位独具个性的未来日记所有者进行的斗争展开……

听起来是不是还挺有意思的？实际上……真的很有意思！